행정해석 질의회신 조세특례

사업자단위 과세 적용 사업자가 종사업장을 추가하였을 경우 감면 대상 범위

사건번호 선고일 2025.11.19
사업자 단위 과세 사업자가 종된 사업자를 추가로 등록하는 것은 별도의 사업자등록을 하는 행위와 동일
[회신] 귀 질의1의 경우, 「부가가치세법」제8조 제3항 따른 사업자 단위 과세사업자로 등록한 개인사업자가 동법 동조 제7항에 따라 종사업장을 추가하고, 해당 종사업장에서 다른 업종의 개인사업을 새로이 개시하는 경우 「조세특례제한법」제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면에 적용되는 ‘창업’에 해당하는 것입니다. 다만, 새로운 사업의 개시가 동조 제10항 제4호에 해당하는 경우 ‘창업’으로 보지 아니하며 이에 해당하는지는 기존 사업과의 연관성, 위치, 업종 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다. 귀 질의2의 경우, 사업자 단위 과세사업자가 「부가가치세법 시행령」제17조에 따라 사업자단위 과세를 포기한 경우 기존 사업자 단위 과세사업자 당시 「조세특례제한법」제6조를 적용받았던 사업장은 남은 감면기간 동안 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다. 귀 질의3의 경우, 개인사업자가 다른 사업장에서 다른 업종의 개인사업을 새로이 개시하지 아니하는 경우에는 「조세특례제한법」제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면이 적용되는 ‘창업’에 해당하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의인은 현재 서비스업을 영위하는 사업자단위 적용 사업자로 종된 사업장을 4개 가지고 있음 - 기존 서비스업이 아닌 통신판매업으로 사업자를 내려고 함 2. 질의내용 ○ (질의1) 사업자단위 과세를 적용받고 있는 사업자가 통신판매업을 종된 사업장으로 추가할 경우 종된 사업장의 소득이 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용을 받을 수 있는지 여부 ○ (질의2) 사업자단위 과세를 포기할 경우 기존에 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 계속 받을 수 있는지 여부 ○ (질의3) 새로운 업종으로 기존 사업자등록이 있는 본인의 주소지로 사업자등록을 낼 경우 세액감면을 받을 수 있는지 여부 3. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】 ① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2027년 12월 31일 이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」제53조제1항에 따라 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한 금액에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 창업중소기업의 경우: 다음 각 목의 구분에 따른 비율 가. 2025년 12월 31일 이전에 창업한 경우 1) 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 대통령령으로 정하는 청년창업중소기업(이하 "청년창업중소기업"이라 한다)의 경우: 100분의 100 2) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권과밀억제권역 외의 지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50 나. 2026년 1월 1일 이후에 창업한 경우 1) 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 청년창업중소기업의 경우: 100분의 100 2) 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 청년창업중소기업의 경우: 100분의 75 3) 수도권과밀억제권역에서 창업한 청년창업중소기업과 수도권 외의 지역 또는 수도권의 인구감소지역에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 50 4) 수도권(수도권과밀억제권역과 인구감소지역은 제외한다)에서 창업한 창업중소기업의 경우: 100분의 25 ③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다. 5. 통신판매업 10. 전문, 과학 및 기술 서비스업[대통령령으로 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다)을 포함한다]. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 업종은 제외한다. ⑩ 제1항부터 제9항까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 창업으로 보지 아니한다. 3. 폐업 후 사업을 다시 개시하여 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업을 하는 경우 4. 사업을 확장하거나 다른 업종을 추가하는 경우 등 새로운 사업을 최초로 개시하는 것으로 보기 곤란한 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】 23 법 제6조제10항을 적용할 때 같은 종류의 사업의 분류는 「통계법」제22조에 따라 국가데이터처장이 작성ㆍ고시하는 표준분류(이하 "한국표준산업분류"라 한다)에 따른 세분류를 따른다. ○ 조세특례제한법 집행기준 6-0-2【창업의 범위】 ① 창업이라 함은 중소기업을 새로이 설립하는 것을 말하는 것으로서 법인의 경우 창업일은 법인 설립등기일이고 개인사업자의 경우 「소득세법」 또는 「부가가치세법」에 따른 사업자등록을 한 날이 된다. ○ 부가가치세법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. “사업자”란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. ○ 부가가치세법 제6조 【납세지】 ② 제1항에 따른 사업장은 사업자가 사업을 하기 위하여 거래의 전부 또는 일부를 하는 고정된 장소로 하며, 사업장의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ③ 사업자가 제2항에 따른 사업장을 두지 아니하면 사업자의 주소 또는 거소(居所)를 사업장으로 한다. ○ 부가가치세법 제8조 【사업자등록】 ① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다. ③ 제1항에도 불구하고 사업장이 둘 이상인 사업자(사업장이 하나이나 추가로 사업장을 개설하려는 사업자를 포함한다)는 사업자 단위로 해당 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록을 신청할 수 있다. 이 경우 등록한 사업자를 사업자 단위 과세 사업자라 한다. ④ 제1항에 따라 사업장 단위로 등록한 사업자가 제3항에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 변경하려면 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다. 사업자 단위 과세 사업자가 사업장 단위로 등록을 하려는 경우에도 또한 같다. ⑤ 제4항 전단에도 불구하고 사업장이 하나인 사업자가 추가로 사업장을 개설하면서 추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간부터 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 경우에는 추가 사업장의 사업 개시일부터 20일 이내(추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간 이내로 한정한다)에 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청하여야 한다. ⑦ 제1항부터 제6항까지의 규정에 따라 신청을 받은 사업장 관할 세무서장(제3항부터 제5항까지의 규정에서는 본점 또는 주사무소 관할 세무서장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)은 사업자등록을 하고, 대통령령으로 정하는 바에 따라 등록된 사업자에게 등록번호가 부여된 등록증(이하 "사업자등록증"이라 한다)을 발급하여야 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제11조 【사업자등록 신청과 사업자등록증 발급】 ② 제1항에도 불구하고 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위 과세 사업자로 등록을 신청하려는 사업자는 본점 또는 주사무소(이하 "사업자 단위 과세 적용 사업장"이라 한다)에 대하여 제1항 각 호의 사항을 적은 사업자 등록신청서를 사업자 단위 과세 적용 사업장 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ○ 부가가치세법 시행령 제12조 【등록번호】 ① 법 제8조제7항에 따른 등록번호는 사업장마다 관할 세무서장이 부여한다. 다만, 법 제8조제3항부터 제5항까지의 규정에 따라 사업자 단위로 등록신청을 한 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장에 한 개의 등록번호를 부여한다. ○ 부가가치세법 집행기준 8-0-2【사업자단위과세제도】 사업자단위과세제도란 2 이상의 사업장이 있는 사업자가 사업자단위로 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 등록한 경우 사업자등록, 세금계산서 발급, 부가가치세 신고 · 납부, 경정 등의 납세의무를 본점 또는 주사무소에서 이행하는 것을 말한다. 4. 관련사례 ○ 기획재정부 부가가치세과-352, 2020. 8. 12. 「부가가치세법」 제8조제3항 에 따른 사업자단위과세사업자로 등록한 개인사업자로서 같은 법 제46조제1항의 직전 연도의 재화 또는 용역의 공급가액의 합계액이 같은 법 시행령 제88조제2항에서 정하는 금액을 초과하는지 여부는 직전연도의 주사무소와 종된 사업장의 사업장별 공급가액을 기준으로 판단하는 것임 ○ 부가가치세과-814, 2009. 6. 15. 사업자단위과세사업자가 각 사업장에서 동일한 업종의 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 각 사업장별로 「부가가치세법 시행령」 제61조제1항 에 따라 계산한 후, 본점 또는 주사업장에서 이를 합산하여 신고하는 것임 ○ 서면인터넷방문상담2팀-1055, 2005. 7. 11. 조세특례제한법 상 업종의 분류는 같은 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는「통계법」제17조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하는 것이고, 창업중소기업 등에 대한 세액감면은 창업 당시부터「조세특례제한법」제6조 제3항의 규정에 의한 업종을 영위하는 중소기업에 한하여 적용하는 것이며, 「조세특례제한법」제6조 제3항의 규정에 의한 업종을 영위하는 경우에만 고용창출형 창업기업에 대한 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다. ○ 서면-2024-소득-0429, 2024. 2. 16. 귀 질의의 경우, 기존 폐업한 사업과 다른 업종으로 다른 장소에 새로이 개인사업을 개시하여 독립적으로 경영할 경우 창업에 해당하는 것이며, 다른 업종 여부 및 새로이 개시하는 업종이 「조세특례제한법」 제6조 제3항 에 해당하는지 여부는 한국표준산업분류 상 세분류를 기준으로 실질에 따라 사실판단할 사항입니다. 다만, 새로운 사업의 개시가 동조 제10항 제3호에 해당하는 경우 ‘창업’으로 보지 아니하며 이에 해당하는지 여부는 사업의 개시 경위, 기존사업과의 연관성, 위치, 업종 등을 종합적으로 고려하여 사실 판단할 사항입니다. ○ 사전-2021-법령해석소득-0055, 2021. 6. 17. 귀 해석요청의 경우, 개인사업자가 다른 사업장에서 다른 업종의 개인사업을 새로이 개시하는 경우 「조세특례제한법」제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면이 적용되는 ‘창업’에 해당하는 것입니다. 다만, 새로운 사업의 개시가 동조 제10항제4호에 해당하는 경우 ‘창업’으로 보지 아니하며 이에 해당하는지는 기존 사업과의 연관성, 위치, 업종 등을 종합적으로 고려하여 사실판단할 사항입니다. ○ 기준-2022-법무부가-0158, 2023. 2. 16. 귀 자문신청과 관련하여 질의1의 경우는 기존 예규(부가가치세과-386, 2010.3.31.)를 참조하시기 바라며, ○부가가치세과-386, 2010.3.31. 「부가가치세법 시행령」제4조의 사업장은 사업자 또는 그 사용인이 상시 주재하여 거래의 전부 또는 일부를 행하는 장소를 말하는 것으로, 동일한 업종을 영위하는 사업자가 동일건물 내의 분할된 다수의 장소에서 거래되는 재화에 대해 일괄하여 거래 및 대금을 수수하는 경우 이를 하나의 사업장으로 볼 수 있으나, 각각의 장소에서 거래 및 대금의 수수가 독립적으로 이루어지는 경우에는 그 각각의 장소를 별개의 사업장으로 볼 수 있는 것인 바, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지의 여부는 관련사실을 종합하여 사실판단 할 사항입니다. 질의2의 경우는 기획재정부의 해석(기획재정부 부가가치세제과-83, 2023.2.2.)을 참조하시기 바랍니다. ○기획재정부 부가가치세제과-38, 2023.2.2. 「부가가치세법」제6조제3항에 따라 사업자의 주소 또는 거소를 사업장으로 하는 경우에는 그 장소를 하나의 사업장으로 하여 하나의 사업자등록을 하는 것입니다. ○ 대법원 2024. 12. 24. 선고 2024-두-55037 판결 조세특례제한법 규정에 다른 조세감면제도의 내용과 그 취지에 비추어 보면 조세특례제한법상 “창업중소기업”의 개념은 단지 법인 설립 등과 같은 “창업”의 외형만을 가지고 볼 것이 아니라, 당해 중소기업의 설립 경위, 종전 사업과 신설중소기업의 구체적인 거래 현황, 규모 및 실태 등을 종합적으로 참작하여 조세감면의혜택을 주는 것이 공평의 원칙 등에 부합하는지를 기준으로 실질적으로 판단하여야 하는 바, 원고는 원시적인 사업창출의 효과가 있는 사업을 실질적으로 개시하였다고 볼 수 없으므로, 조세특례제한법 제6조 제10항 제1항 나목을 근거로 구 조세특례제한법 제6조제2항 의 법인세 감면 규정을 적용받을 수 있는 ‘창업’을 한 경우에 해당하지 않는다고 봄이 타당함
원본 출처 (국세법령정보시스템)